Activité de MS4Omics

L’imagerie par spectrométrie de masse (MSI) permet d’obtenir la distribution spatiale de molécules endogènes (lipides, protéines, peptides, métabolites) ou exogènes (ex : médicaments) et leur abondance relative sur des coupes de tissus cliniques ou biologiques (animaux, végétaux).

La plateforme MS4Omics dispose d’une grande expertise depuis la préparation des tissus (congelés ou fixés FFPE, coupe des tissus, digestion enzymatique, dépôt de matrice…) jusqu’à leur analyse par MSI et le retraitement des données.

Plusieurs instruments sont disponibles pour les analyses MSI tels que le RapiFlex (Bruker) et le timsTOF flex (Bruker) permettant de descendre à une résolution spatiale de 10 µm. Des cartographies moléculaires des tissus peuvent être obtenus grâce à des logiciels d’analyse des données d’imagerie MS (FlexImaging, SCiLS Lab).

La plateforme dispose d’un savoir-faire dans l’identification des protéines alternatives issues des régions non codantes des ARNm et des ARN non codants. La plateforme a développé des protocoles et différents pipelines bio-informatiques pour améliorer l’identification des protéines alternatives.

La protéomique à résolution spatiale permet d'obtenir des informations moléculaires au niveau d'un microenvironnement tissulaire spécifique en procédant à la quantification et à l'identification à grande échelle et sans marquage des protéines à une résolution de 500 µm à partir de coupes de tissus histologiques.

Cette approche fournit des informations inestimables pour l'étude des mécanismes physiologiques ou pathophysiologiques et pour l'identification des voies qui restent cachées en raison des effets de dilution lors de la protéomique des tissus entiers. Cette approche peut également être combinée avec la MSI pour obtenir le protéome de régions moléculairement distinctes du tissu sur la base d'images MSI.

La plateforme a établi un protocole robuste qui combine la microdigestion des protéines dans des zones déterminées des tissus suivie de leur microextraction par LESA (Liquid Extraction Surface Analysis).

MS4Omics offre également des services en interactomique par deux approches différentes. La première est la MS de réticulation (XL-MS) que la plateforme réalise à partir de cibles spécifiques après pull-down ou dans des stratégies à grande échelle avec la recherche d'interactions entre les protéines de référence et les protéines alternatives. La seconde est basée sur le marquage de proximité grâce aux stratégies BioID et TurboID qui sont réalisées à partir de cellules. BioID utilise le marquage de proximité pour identifier les protéines situées à proximité d'une protéine cible dans des cellules vivantes, ce qui facilite la cartographie des réseaux d'interactions protéiques dans leur contexte cellulaire d'origine.