Activités

 

La plateforme MS4Omics du laboratoire PRISM Inserm U1192 offre une expertise en protéomique et en spectrométrie de masse appliquée à différents domaines.

 

En protéomique, nous nous concentrons sur les méthodologies non ciblées, y compris les approches ascendante, descendante et par injection, ainsi que sur les techniques d'interaction telles que le cross-linking MS et le BioID. Nous possédons une expertise particulière dans l'analyse des tissus par le biais de la protéomique spatiale, de l'analyse des tissus FFPE et de la protéogénomique. En outre, nos capacités s'étendent à la purification, à la quantification et à l'analyse des vésicules extracellulaires. Le lien entre la plateforme et le laboratoire nous permet d'offrir une expertise unique.

MS4Omics répond aux demandes des universitaires et industriels locaux, régionaux et nationaux, ou de l'étranger.

Liste des compétences

  • Analyse protéomique à grande échelle (bottom-up, shotgun, top-down) quantification et analyse sans étiquette de grandes cohortes (>100 échantillons)
  • Préparation d'échantillons pour la protéomique à grande échelle (FASP, iST, SP3) quel que soit le mode de stockage des échantillons (frais-congelé, fixé, FFPE) et pour tout matériel biologique (fluides, organes, biopsies, coupes de tissus, organoïdes, sphéroïdes, vésicules extracellulaires).
  • Protéogénomique et protéome alternatif (AltProt et petites protéines)
  • Imagerie et profilage des tissus par spectrométrie de masse (MALDI, DESI, SpiderMass)
  • Préparation des échantillons pour l'imagerie MS (coupe, déparaffinage, lavage, démasquage des antigènes, digestion enzymatique) pour les tissus frais-congelés, fixés et FFPE, et pour tout matériel tissulaire biologique (organes, biopsies, coupes de tissus, organoïdes, sphéroïdes, plantes).
  • Analyse protéomique spatiale de coupes de tissus, y compris FFPE
  • Analyse interactomique par couplage MS et BioID
  • Analyse des données de protéomique et d'imagerie MS à l'aide d'analyses statistiques multivariées et d'outils d'apprentissage en profondeur.
  • Métabolomique, lipidomique et glycoprotéomique
  • Omique résolue dans l'espace
  • Purification et analyse des vésicules extracellulaires (y compris les exosomes)

 

3D Cell Omics vous assiste dans toutes les étapes de votre projet, de la culture de vos lignées cellulaires à l'analyse des données, en passant par la maintenance des lignées cellulaires.

 

Accès à des technologies innovantes : création de sphéroïdes mixtes, logiciel de calcul d'invasion, bioprinting d'organes 3D, isolement et comptage d'exosomes...
Traitement des données et analyse statistique pour l'identification et la quantification relative des marqueurs

Liste des compétences

  • Large index de lignées cellulaires (>100 lignées cellulaires différentes d'espèces et de types différents).
  • Création de sphéroïdes mixtes / organoïdes tumoraux : association de cellules cancéreuses et de cellules immunitaires en culture 3D pour imiter le microenvironnement tissulaire.
  • Tests divers à grande échelle : test d'invasion, test de viabilité, MS/MS, imagerie, fluorescence.
  • Bioprinting de cellules en 3D.
  • Isolement et comptage des exosomes avec Nanosight (à partir de sécrétomes cellulaires et de fluides corporels).
  • Culture à partir d'organes isolés, de biopsies, de coupes de tissus, de couches de cellules isolées, de cultures cellulaires 2D ou 3D...
  • Analyse multi-omique combinée (métabolomique, lipidomique et protéomique).
  • Conception, exécution et analyse d'expériences.